La historia de Yume Nikki no es del todo clara, ya que el juego aún se encuentra en la versión 0.10. En Yume Nikki controlaremos a una chica (Madotsuki), una hikikomori, ya que no quiere salir nunca de su habitación, aunque nosotros lo intentemos. El juego nos mostrará los sueños de Madotsuki una vez nos metamos en su cama.
Lo único realmente argumental que podemos encontrar en Yume Nikki por ahora es el final del juego. Todo lo demás queda totalmente libre a la imaginacion de cada jugador, ya que nos encontraremos muchos personajes dentro de los rincones de la mente de Madotsuki, y cada uno de ellos nos hará imaginar situaciones, intenciones incluso grandes argumentaciones, siempre dependiendo del jugador, y de cómo reciba cada situación.
Por ahora sólo queda esperar a que Kikiyama actualice el juego y, si lo ve necesario, que incluya más detalles argumentales.
Hipótesis 
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Debido a su poco argumento y falta de bases, no se sabe con exactitud en qué se basa la historia. Los fans han formulado distintas teorías, en las cuales explican el por qué de cada parte del juego. Desde los sueños de Madotsuki, hasta por qué realmente no quiere salir de su habitación, más allá de que ella sea o no una " hikikomori ".
El final se puede interpretar con una teoría algo compleja, la cual dice que durante todo el juego, desde el principio hasta el final, Madotsuki está dormida. Esto quiere decir que el considerado Mundo Normal/Real es un sueño, y cuando Madotsuki se duerme, está en un sueño dentro de otro.
SignificadoEditar
El videojuego de Yume Nikki es tan confuso que a veces surge la necesidad de saber qué significa. Los fans se han encargado de ponerle un significado tanto realista (que se pueda aplicar a la realidad), como irreal (que solo se puede aplicar en una idea "ficticia" del mundo).
Uno de los significados que más llama la atención es en el que Yume Nikki no sólo refleja la vida de una chica que está encerrada en su habitación y tiene sueños extraños, sino también hace alusión a la sociedad actual del mundo, con sus superioridades raciales, los asesinatos en masa, la exclusión social por aspectos físicos y la discriminación por el pensamiento diferente. Todo esto ilustrado en el juego de manera aparentemente exagerada y loca, pero si se piensa un poco, de manera "realista".
Otro curioso simbolismo en el juego es el mismo nombre de la protagonista; "Madotsuki", que significa "Ventana" en japonés, y puesto a la sensación de inquietud que puede provocar el juego en algunos jugadores, es posible que el nombre de Madotsuki haga alusión a dar un vistazo a través de la vida de una persona con problemas, como lo es el caso de Madotsuki.
